Thách thức lớn nhất của các doanh nghiệp Việt Nam sau khi Hiệp định Thương mại tự do Việt Nam - EU được kí kết là sức ép cạnh tranh với hàng hóa của EU, đặc biệt về chất lượng sản phẩm.
EU là thị trường khó tính, đặc biệt về chất lượng và vệ sinh an toàn thực phẩm, môi trường...do vậy hàng hóa của các doanh nghiệp Việt Nam phải hoàn thiện rất nhiều để có thể vượt qua rào cản này. Mặt khác, việc mở cửa thị trường Việt Nam cho hàng hóa EU vào cũng đồng nghĩa với việc các doanh nghiệp Việt Nam phải cạnh tranh khó khăn hơn ngay tại thị truờng nội địa. Đây sẽ là cơ hội và thách thức lớn để các doanh nghiệp Việt Nam điều chỉnh, thay đổi phương thức sản xuất và nâng cao năng lực cạnh tranh của mình.